Власть Экклезиархии росла. Такая ситуация не устраивала определенные слои Империума. На совете Верховных Лордов Генерал-фабрикатор Адептус Механикус открыто противился воле Экклезиархии. Многие Ордены Космодесанта также подвергали сомнению поступавшие от нее приказы. С их помощью Администратум начал борьбу с нарастающей силой Экклезиархии. Он начал восстанавливать свое командующее и связующее положение в Империуме. Так началось противостояние, длившееся семь тысяч лет и продолжающееся по сей день.

Администратум начал расширять свое влияние, подрывая авторитет Экклезиарха, влияя на голосования в Совете Лордов и продвигая своих последователей на значимые должности. С конца 34-ого и до середины 35-ого тысячелетия власть Экклезиархии заметно ослабла. После выборов нескольких совершенно некомпетентных и слабых Экклезиархов, Администратум смог отобрать власть у Министорума. Через некоторое время, Администратум вернул себе доминирующее положение. Для большинства людей, Экклезиархия оставалась могучей, всевидящей организацией, но реальное положение дел не соответствовало таким представлениям. Фактически Администратум диктовал свою волю Святому Синоду.

Чтобы избежать зависимости от Верховного лорда Администратума, Экклезиарх Бенедин IV решил переместить Святой Синод и высшие эшелоны Адептус Министорум на планету Офелия VII в Сегментуме Темпестус. Это была личная епархия Бенедина во времена, когда он еще был Кардиналом, и, возможно, самая богатая планета после Терры и Марса.

Дворцы Экклезиархии на Офелии занимали почти девяносто тысяч квадратных миль, и возвышались на четыре тысячи метров. Соперничать с таким величием мог лишь Имперский дворец на Терре. Экклезиархия, отделенная от интриг Администратума огромным расстоянием, вновь начала набирать силу. Из-за увеличения объема поступающей десятины, ресурсы Министорума достигли небывалых размеров. Кардиналы соревновались друг с другом в создании самых величественных и прекрасных дворцов, строительстве храмов и кафедральных соборов. В то же время Экклезиархия проводила небывалое количество операций по уничтожению так называемых еретических культов, хотя за этим названием чаще всего стояли те, кто сопротивлялся воле Экклезиарха.

Отделенная от Администратума, Экклезиархия начала формировать свой собственный флот и армию. Эти силы стали известны как Фратерис Темпларс и включали в себя множество транспортных и боевых кораблей, а так же десятки армий, каждая из которых по силе могла потягаться с полком Имперской Гвардии. Тем временем, постройки Министорума на Терре ветшали и разваливались.

В середине 35-ого тысячелетия, спустя три сотни лет со времен ухода с Терры, Экклезиархом стал Григорий XI. Глубоко религиозный человек, Григорий казался тем, кто сможет переместить Экклезиархию на следующую ступень власти. Его свежие взгляды должны были вывести Святой Синод из застоя. Но Кардиналы оказались не готовы к тому, что произошло. Григорий объявил, что Адептус Министорум вернется на Землю. Несмотря на активное сопротивление как самой Экклезиархии, так и Администратума, Григорий решил, что настоящим центром религии должна стать Терра, колыбель человечества.

Никто не смог отговорить его от этой затеи. И через двенадцать лет, потребовавшихся для организации возвращения, двери дворца Экклезиархии на Терре были вновь открыты. Реставрация дворца легла тяжелым грузом на и без того растянутые ресурсы Экклезиархии. Их денежные средства были растрачены на перемещение к Терре и Экклезиархия была вынуждена увеличить церковные сборы, чтобы покрыть затраты на строительство.

Пока шла реставрация, Григорий XI начал закладывать фундамент для других изменений в структуре Адептус Министорум. Многие его современники называли эти изменения излишне радикальными. И вновь он не стал менять своих замыслов. Но но его планам не суждено было осуществится - он скончался от отравления. Много слез пролилось на его похоронах (считается, что шесть миллионов последователей шло рядом с его гробом), Кардиналы произносили речи о том, какого великого человека они лишились. Однако сразу же после того как его тело было похоронено в Усыпальнице Памяти, новый, более консервативный Экклезиарх был избран и Министорум продолжил действовать так же, как он действовал многие сотни лет до этого.

Погружение в анархию.

Растущие требования Кардиналов заставили Экклезиархию еще раз увеличить сборы. К несчастью, большая часть населения и так была доведена до бедности постоянными поборами, и увеличение налога выглядело грабительским. Многие миры открыто восстали против Экклезиархии, отказываясь платить налог. Даже планетарные губернаторы заявляли, что такие платежи непосильны, но их никто не слушал.

Ответ Экклезиархии был жесток. Армии Фратерис Темпларс были посланы для подавления любых проявлений неподчинения и многие официальные лица были казнены как еретики. Алексий XXI использовал Оффицо Ассасинорум для ликвидации нескольких губернаторов, отказавшихся платить сборы и готовившихся усилить свои Силы Планетарной Обороны за счет сэкономленных денег. Широко известно его высказывание: «Они отреклись от покровительства Императора ради своих мирских целей» Сам же Экклезиарх использовал полученные средства для постройки еще больших храмов, установки статуй Экклезиархов и украшения дворцов редчайшими металлами и камнями. Волнения продолжались, многие миры были захлестнуты огромными восстаниями. Для подавления этих выступлений отправлялись Фратерис Темпларс. Все те, кто ослушался Экклезиархию, были объявлены еретиками и казнены. Многие полагали, что такая методика была излишне жестокой, но и она была ничем по сравнению с тем, что произошло.

Пока Империум был погружен в пучину междоусобных войн, на человечество обрушились новые угрозы. В начале 36-ого тысячелетия количество варп-штормов катастрофически увеличилось. Казалось, само варп-пространство вскипело, подобно тому как закипает вода в кастрюле. Навигация резко осложнилась, и сотни систем оказались изолированы. Экклезиархия и Администратум направили все свои силы на борьбу друг с другом, в то время как Империум скатывался в пучину анархии. В тех немногих мирах, куда еще можно было попасть на космическом корабле, власть Экклезиархи жестоко насаждалась Фратерис Темпларс, любое отклонение от святых указов безжалостно наказывалось.

Видя, что Империум находится в незавидном положении, налетчики Хаоса покинули Глаз Ужаса и обрушились на своих древних врагов. Орочьи Варлорды опустошали миры и разбойничали на некогда широких торговых путях. На планетах, отрезанных от Терры, процветали культы Хаоса и Генокрадов. Порой они набирали такую силу, что захватывали власть на планете и порабощали целые миры. Те планеты, которые выстояли под ударами захватчиков, пытались сохранить все, что могли. Как и прежде, без централизованного руководства Адептус Министорум, вера в Императора начала деградировать в различные культы и секты. В эти темные времена брат шел на брата, чтобы доказать свои религиозные идеалы.

Большая часть Империума ожидала конца света. Сошедшие с ума фанатики обвиняли Экклезиархию и утверждали, что сам Император решил наказать нечестивцев за их жадность. Они также говорили, что варп-штормы были посланы Им, чтобы испытать тех, кто по настоящему верен, и отделить их от еретиков. Эти заявления побудили многих граждан к самобичеванию. Люди калечили и мучили себя, чтобы доказать свою верность. Население многих планет превратилось в сумасшедшую отчаянную массу людей, возглавляемую безумнынми культистами, пытающимися превзойти остальных в своей кровавой преданности Императору. Маленькие экстремистские группировки разрастались в размерах, призывая очистить Империум от еретиков самыми жестокими способами. В кровавых погромах погибали тысячи невинных. В некоторых сообществах, малейшие отклонения в развитии детей, отличные от того, что считалось нормой, карались смертной казнью ребенка и всей его семьи. Населения целых городов объявлялись отступниками и безжалостно вырезались.