В этих отдаленных группах могут быть рождены новые идеи и мысли, или сохраниться древние фракции, но более крупные формирования могут пренебрегать ими. Имея дело с огромным количеством угроз, возможно даже с такими, с которыми никакой другой инквизитор не сталкивался, эти изолированные группы могут рассматриваться как опасные или перспективные, и часто являют собой и то и другое. Через поколения, миссия и цели инквизиции могут меняться, либо осознанно, либо просто из-за того, что растет объем знаний каждого инквизитора в отдельности.

Было несколько случаев, когда Инквизиция открыто конфликтовала с такими группами, когда обе стороны не понимали природу друг друга. Обычно, такие войны приводят к ужасным последствиям, поэтому Инквизиция затрачивает огромные усилия, чтобы поддерживать контакт с как можно большим количеством инквизиторов, что бы избежать подобной конфронтации.

Хотя некоторые инквизиторы могут вести свою войну против окружающей человечество тьмы в одиночку, большинство же будут пересекаться, либо по ходу свой деятельности, либо на специально собранном конклаве.

Конклавы - это формальные собрания двух и более инквизиторов, и могут созываться по многим причинам, о которых будет сказано позже. Большинство конклавов собирается чтобы обсудить одну единственную проблему, длятся несколько дней и в них входит небольшая группа инквизиторов. Некоторые же, упоминаемые в записях как "Высокие Конклавы", могут длиться несколько недель, в них могут участвовать несколько дюжин Инквизиторов и обсуждаться большое количество тем.

Теоретически, конклав может созвать любой инквизитор, но только у Лорда Инквизиции хватит авторитета что бы созвать Высокий Конклав. На практике, инквизиторы с хорошими связями и обширными ресурсами могут собирать довольно большие группы.

Чаще всего конклавы собираются что бы обсудить расследование Инквизиции или обновить план действий фракции. Те, что собраны для обсуждения расследования Инквизиции могут включать инквизиторов из различных фракций, но высокие конклавы собираются только для того чтобы срочно разрешить возникшую серьезную проблему. В таких случаях, различные взгляды разных инквизиторов не только желаемы, но и критичны для принятия оптимального решения.

Конклавы фракций, с другой стороны, могут быть созваны для того что бы обсудить вопросы которые будут интересны только членам данного отделения. К примеру, Торианцы могут собираться раз в несколько лет, что бы поделиться информации о возможных "Божественных Носителях", новых теориях, новых движений в Торианстве или что бы поделиться новыми знаниями.

Большинство конклавов созывается ради распространения информации - чтобы предупредить других об угрозе, обсудить последние события, сообщить новости о победах и поражениях. После передачи информации начнутся дебаты, в которых каждый инквизитор будет обсуждать, как ему необходимо действовать в дальнейшем. Консенсус не необходим, так как каждый инквизитор имеет свой подход к делу, и каждый будет приходить к разным результатам. Но все же, знание о действиях коллег при борьбе с определенной угрозой помогает избежать непонимания и даже столкновений в дальнейшем.

Конклав созывается двумя способами - либо через открытое объявление, либо через приглашение избранных. Первое происходит в случае появления серьезной опасности, для борьбы с которой могут понадобиться другие инквизиторы, даже если им придется бросить свои текущие дела. Второе случается в том случае когда инквизитору нужны определенные знания и умения, которыми обладают его коллеги.

Из-за природы коммуникации и перемещения, собрание даже полдюжины столь специфических личностей в одном месте в одно время требует того, чтобы конклавы собирались в определенных местах расположенных в сферах влияния ограниченных радиусом в несколько сотен световых лет, и должны быть запланированы заранее. Высокие Конклавы, на которых должны обсуждаться самые жуткие проблемы с которыми сталкивается Инквизиция, могут быть собраны за относительно малые промежутки времени, астропаты будут посылать срочные сообщения инквизиторам на любые расстояния. На призывы могут ответить несколько дюжин инквизиторов, тогда как вряд ли половина из них сможет явиться в назначенное время из-за непредсказуемой природы варпа.
В отличие от Высоких Конклавов, которые должны собираться в Цитаделях Инквизиции которые расположены в ключевых точках по всему Империуму, обычные конклавы могут происходить где угодно. Секретность требует того, чтобы все происходило в тайне, и многие инквизиторы содержат для этого поместья, библиотеки или базы где возможно собрать конклав.

Одна из самых важных проблем, из-за которых может быть созван конклав - осуждение одного инквизитора другим. Так как инквизитор выше любого суда, кроме собственной совести, обвинителем и судьями могут выступать только другие инквизиторы. В таких случаях, Инквизитор Лорд собирает конклав, часто без обвиняемого, с присяжными в количестве трех и более инквизиторов, и будет слушать дело. Такой конклав может признать инквизитора некомпетентным, халатным, или, что еще хуже, объявить подсудимого Traitoris Excommunicate (предателем, отлученным от церкви), такого инквизитора признают еретиком и его необходимо найти и уничтожить любой ценой.

Бывали случаи когда инквизиторы были объявлены предателями без созыва конклава, это может быть необходимо, если преступник может скрыться, или когда физическое столкновение неотвратимо. В таких случаях, конклав созывается после события. Часто, он протекает уже после смерти обвинителя/обвиняемого, и должен вершить свой суд основываясь исключительно на найденных уликах. Несмотря на гибкость Инквизиции и индивидуумов которые ее составляют, такие судебные конклавы ограничены в выборе наказаний для подсудимого. Человек просто не может перестать быть инквизитором, так что порицания и прочие угрозы имеют мало смысла. Чаще, действия виновной стороны могут подвергнутся дальнейшему расследованию, что само по себе является далеко не приятным опытом, уже одного этого часто достаточно что бы заставить инквизитора пересмотреть свои приоритеты и убеждения.