Базовая оперативная единица Инквизиции - инквизитор. Когда Империум стонет под тяжестью гигантских организаций и невозможной бюрократии, Инквизиция свободна от таких оков и, исходя из этого, свободна действовать так, как ей видится правильным. С чёткой целью сражаться с угрозой человечеству, Инквизиция работает вне других имперских организаций, но имеет абсолютное влияние на них.

На практике же, Инквизиция должна быть гораздо более гибкой, чем ей позволяет ее мандат. Хоть и власть ее исходит от самого Императора, и даже верховные Лорды Терры не могут быть выше ее надзора, Инквизиция должна полагаться на другие составляющие Империума чтобы получать ресурсы. Инквизиция имеет невероятные силы, доступ к войскам, вооружению, архивам и информации сверх большинства имперских организаций, но все же за этим она должна обращаться к Adeptus Astartes, Имперской Гвардии, Adeptus Mechanicus и др.

Инквизиция существует не как сила сама по себе, но как направляющая рука, которая позволяет Империуму защищать себя некоторым образом. Много ее работы посвящено поиску угроз человечеству и подготовке достойного отпора. Заодно с инквизиторами, Инквизиция имеет миллионы, возможно даже миллиарды других агентов по всему Империуму, наблюдающих за угрозами мутаций, агрессии чужих, предательства и некомпетентности.

Каждый инквизитор олицетворяет собой всю Инквизицию и обладает всем могуществом этой организации. Слово инквизитора абсолютно и никем не может обсуждаться (кроме других инквизиторов). Так как это необходимо для защиты Империума, инквизитор так же несет ответственность за свои действия. Доказательство смелости и приверженности инквизиторов - то, что Инквизиция сохраняет свои позиции уже десять тысяч лет, несмотря на войны, междоусобные конфликты и внутреннюю ересь. Мужчины и женщины Инквизиции одни из самых проверенных, тренированных и мотивированных людей, и им необходимо быть такими.

Инквизитору нужно большее, чем простая физическая сила и снаряжение, которое выходит за грань обычного оружия. Его разум - его сила, но не только как сила интеллекта, но и как сила воли. В галактике, где правят догмы и консерватизм, инквизитор должен отбросить в сторону предрассудки и оперировать вне устоев галактики.

Быть инквизитором - значит понимать что силы, которые работают против Империума, не может полностью осознать ни один человек, даже те, кто заседают в Senatorum Imperialis. Необходимость бороться с десятью тысячами лет познанной мудрости и установившейся ортодоксальностью - непростая задача, но инквизиция остается эффективным инструментом. Важно то, что инквизиторы могут смотреть на мир через глаза, не затуманенные доктринами или высокомерием.

Чтобы избежать монолитных, медленных процессов, которые являются чумой других имперских организаций, Инквизиция организованна только на одном фундаментальном уровне - одного единственного инквизитора. Следуя из оригинальной концепции, инквизитор может призвать любые местные ресурсы, которые могут понадобиться, чтобы справиться с угрозой -- без необходимости связываться с Adeptus Terra.
Такая практика существует уже десять тысяч лет, и весь этот срок инквизиции необходимо было поддерживать свой абсолютный авторитет. Каждый инквизитор носит с собой печать инквизитора - символ не только власти, но и огромной ответственности. Предъявление печати полковнику Имперской Гвардии, адмиралу Имперского Флота, Имперскому Командиру или Мастеру Ордена Космодесанта не может быть отвергнуто.
Инквизитор вместе со своей свитой может справиться со многими угрозами без помощи извне. Культы и их последователи, командиры - отступники, небольшие группы пришельцев и другие опасности, с которыми инквизиция сталкивается каждый день, могут быть устранены быстро, путем устранения индивидуума, породившего эту угрозу, или уничтожением ядра вражеской группировки.

Часто сложность решения проблемы может превышать возможности одного инквизитора, и ему потребуется прибегнуть к помощи местных сил, чаще всего это Adeptus Arbitres или силы планетарной обороны. Инквизитору может понадобиться корабль чтобы путешествовать через систему, или, скорее всего, больше огневой мощи чтобы противостоять распространенным сектам или могущественным индивидуумам. В таких случаях он может пойти двумя путями: открыто заявить о своем присутствии и собрать силы, которые ему нужны, или, если ересь проникла глубоко в местные организации, прибегнуть к помощи агентов, и, оставаясь в тени, сообщить о проблеме Имперскому Командиру, или другому лояльному лидеру. Неправильная реакция на такую информацию в подобной ситуации скорее всего вызовет гнев инквизитора, и ему придется прибегнуть к гораздо более жёстким методам.
В некоторых случаях местных сил может не хватить – в случае недостатка людей или потому, что они сами каким-либо образом могут быть связаны с проблемой. В таком случае инквизитору придется связаться с внешними силами.

Такая ситуация очень сложна для инквизитора, поскольку все в Империуме происходит очень медленно, а опасность может сильно развиться, прежде чем прибудут войска, способные с ней справиться. Перемещение больших группировок вооруженных сил даже на небольшие расстояние занимает огромные промежутки времени, и, тем самым, создает инквизитору затруднения. Ко времени, когда войска прибудут, вполне может случиться так, что проблема уже переросла возможности для ее подавления данным количеством человек.

Таким образом, Инквизиции часто приходится работать в роли побуждения. Если планета подверглась нападению пришельцев, коррупции хаоса или другим серьёзным угрозам, долг инквизитора - заставить работать военную машину и следить за ее работой. Часто, Адмиралы и Полковники Империума, прибыв на место события, даже не догадываются, что именно инквизиция побудила серию событий, вследствие которых они оказались в данном месте в данное время.

Так же у Инквизиции есть область, в которой часто возникают проблемы и распри, но она фундаментальна для решения многих проблем - взаимоотношения с Орденами Космодесанта Adeptus Astartes. Так же как и инквизиция, Космодесант работает скорее вне Империума, нежели как его часть. Ордена сами по себе яростно защищают свою независимость и вряд ли будут рады вторжению в их дела.

Инквизитор, который подозревает орден в ереси, должен быть очень осторожен. Космодесант исторически был гораздо более самостоятельным, чем другие имперские силы, но опасность того, что какой-либо орден подпадет под влияние хаоса, заставляет Инквизицию постоянно отслеживать все течения внутри формирований. Чистота генов и мотивы действий постоянно проверяются, и сами десантники считают такие проверки правомерными.

У ортодоксальных, прямолинейных инквизиторов часто возникают проблемы в общении с Adeptus Astartes просто потому, что они тоже действуют вне догм и бюрократии Империума. То, что может показаться ересью и самолюбием с одной стороны, так же может рассматриваться как необходимая составляющая эффективности Космодесанта. Возможность действовать по своему усмотрению, вступать в бой, где это необходимо, и действовать, так как это видится нужным, является очень важным подспорьем в их миссии защиты человечества.

Часто отход от традиций легко спутать с нелояльностью, и было пару случаев, когда чрезмерно фанатичные инквизиторы видели проблему там, где ее нет. Космодесантники праведны, они гордятся своей лояльностью императору, и в то же время остаются вне политики. Они будут отвечать только Магистру своего ордена и самому императору, а обвинение в нелояльности для них - ужасное оскорбление. Использовать силы Империума против десантников - это разрушение связей, существующих между орденами и Империумом.

Таким образом, разумный инквизитор не будет торопиться. В обстоятельствах, когда орден становиться угрозой, самое лучшее решение - использовать другой орден чтобы устранить опасность. Космодесантники - первоклассная сила, с которой обычные войска могут и не справиться, и возможность использовать их самих, что бы они разбирались друг с другом, - бесценна. Десантники имеют прочные связи друг с другом, и если Магистр ордена узнает, что его собратья поддались соблазну хаоса, то он отреагирует незамедлительно чтобы защитить честь Adeptus Astartes как единого целого, ведь орден отступников - очередное пятно на репутации всех Космодесантников которое необходимо немедленно "удалить".

Часто, ордену Десанта достаточно столкнуться со своими братьями, нежели с агентом Империума, что бы увидеть свои ошибки и изменить свое поведение. Если же критика идет не от "своих", то ответная реакция на нее может быть очень и очень жесткой, возможным станет даже еще большее развитие угрозы внутри ордена. Но часто ситуация доходит до такого состояния, что единственный выход - уничтожение ордена. Это очень сложное решение, часто к этому привлекаются несколько других орденов, либо по их собственному желанию, либо по просьбе, как, к примеру, это случилось при восстании в четвертом квадранте, приведшему к Бадаб'ской войне.

Очевидно, лучше всего, если инквизиция разбирается с угрозами своими силами, избегая опасных взаимодействий и использования чужих вооруженных сил. По этой самой причине, инквизиция содержит собственные вооруженные формирования, такие как команды Караула Смерти и охотящихся на демонов Серых Рыцарей.